近年、庄内川にもアユが遡上してきています。しかしなかなか上流に遡上できません。アユに限らず魚をはじめ川の生き物は上流へ行く習性があります。庄内川水系河道には、庄内川は8か所、土岐川には11か所、矢田川には21か所もの堰あるいは落差工（床止め）があります（下図ではそのうち6つ）。魚道の有無あるいはその効果など大部分が未調査です。

小田井堰、山西用水堰をはじめ、魚道がかけられていますが、そのほとんどで欠陥が見られます。まず下流からこれらを改善または新設していく必要があります。（現在、小田井床止め左岸に新設された180度扇形の棚田式魚道と矢田川に新設されたセットバック型階段式魚道の遡上調査が行われています。）

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